Whipple hastalığı tehlikeli olarak kabul edilebilir, çünkü tedavi edilmediği takdirde ilerleme riski bulunan bir hastalıktır ve zamanla daha ciddi tıbbi sorunlara yol açabilir. Whipple ameliyatının ise kendi riskleri vardır, bunlar arasında enfeksiyon, kanama, pankreas yetmezliği, zatürre ve kan pıhtıları gibi komplikasyonlar bulunur. Bu nedenle, Whipple ameliyatı geçirmeyi düşünen kişilerin, potansiyel faydaları ve riskleri tıbbi ekibiyle ayrıntılı bir şekilde tartışmaları ve karar vermeden önce iyi bir şekilde bilgilendirilmeleri önemlidir.