Crohn hastalığı ve ülseratif kolit arasındaki temel farklar şunlardır: Etkilenen bölge: Ülseratif kolit sadece kalın bağırsağı (kolon ve rektum) etkiler. Crohn hastalığı ise sindirim sisteminin herhangi bir bölümünü, ağızdan anüse kadar etkileyebilir. İltihaplanma: Ülseratif kolitte iltihaplı lekeler arasında sağlıklı alanlar yoktur; iltihap süreklilik gösterir. Crohn hastalığında iltihaplı lekeler arasında sağlıklı alanlar bulunabilir. Etkilenen katmanlar: Ülseratif kolit bağırsak duvarının yüzeyel katmanlarını etkiler, daha derin katmanlara ulaşmaz. Crohn hastalığı bağırsak duvarının tüm katmanlarını etkileyebilir ve bu durum ülser, fistül, darlık ve abse gibi komplikasyonlara yol açabilir.