Tüp bebek iğnelerinin yan etkileri genellikle hafif ve kısa süreli olup, ciddi yan etkiler nadir görülür. Sık görülen yan etkiler: Enjeksiyon bölgesinde morluk, ağrı ve tahriş; Baş ağrısı ve şiddetli baş ağrısı; Göğüslerde hassasiyet ve şişkinlik; Yorgunluk ve halsizlik; Kas ve eklemlerde ağrı; Duygu durumunda hızlı değişimler; Ani sıcak basması; Vücutta su tutma ve ödeme bağlı kilo alımı; Normal dışı alerjik reaksiyonlar; Karın bölgesinde ağrı; Kabızlık ya da ishal. Ciddi yan etkiler arasında ise ovaryen hiperstimülasyon sendromu (OHSS) bulunur. Herhangi bir yan etki durumunda, özellikle şiddetli baş ağrısı ve baş dönmesi gibi durumlarda, mutlaka doktora başvurulması önerilir.