TEE (trans özofageal ekokardiyografi) yapılmasının bazı nedenleri: Kalp yapısında pıhtı veya enfeksiyon araştırması. Protez kapak fonksiyonlarının değerlendirilmesi. Aort yırtılmalarının teşhisi. Kalp deliklerinin incelenmesi. Kalp kapağı yetersizliğinin durumunun belirlenmesi. Kalp kapak ameliyatlarının veya kalp delikleri için yapılan cerrahi işlemlerin başarılarının değerlendirilmesi. Doğumsal kalp hastalıklarının teşhis ve tedavi takibi. Ayrıca, TEE, net bir neden olmaksızın hemodinamik dengesizlik, hipotansiyon, hipoksi gibi kritik durumlarda da kullanılabilir.