Sinüzit ameliyatı, her ameliyat gibi bazı riskler içerir. Bu riskler arasında: Aşırı kanama; Anesteziye bağlı komplikasyonlar; Optik sinir zedelenmesi sonucu görme kaybı; Koku duyusunda kayıplar; Diş ve dudaklarda ağrı ya da uyuşukluk hissi; Baş ağrısı, şişlik, kanlı burun akıntısı, bulanık görme, ense sertliği, gözlerde şişme. Güvenli ellerde yapıldığında bu risklerin oluşma olasılığı düşüktür. Sinüzit ameliyatı olmayı düşünen bir kişinin, bu riskleri göz önünde bulundurarak bir uzmana danışması önerilir.