Şap hastalığından ölen hayvanlar, yakılarak veya derin çukurlara, üzerine sönmemiş kireç dökülerek gömülerek imha edilmelidir. Defin sırasında kullanılan malzemeler, işlem sonrası 80 derece sıcak suda kaynatılarak dezenfekte edilmelidir. Ayrıca, 5996 sayılı Veteriner Hizmetleri, Bitki Sağlığı, Gıda ve Yem Kanunu hükümlerine göre hareket edilmelidir.