Rektosigmoidoskopi ve kolonoskopi arasındaki temel farklar şunlardır: İncelenen bölgenin kapsamı: Kolonoskopi, kalın bağırsağın tüm yüzeyini ince bağırsakla birleştiği yere kadar inceler. Rektosigmoidoskopi, kalın bağırsağın son 60 cm'lik kısmını, yani rektum ve sigmoid kolonu inceler. İşlem süresi: Kolonoskopi, daha uzun bir işlem olup en az 10 dakika sürer. Rektosigmoidoskopi, daha kısa bir işlemdir ve genellikle 5-10 dakika arasında tamamlanır. Hazırlık: Kolonoskopi öncesinde, bağırsakların tamamen boşaltılması için özel bir diyet ve ilaç uygulaması yapılır. Rektosigmoidoskopi için daha az hazırlık gereklidir; hastanede lavman yapılarak temizlik sağlanması yeterlidir.