Atipik reflü belirtileri genellikle kulak burun boğaz hastalıklarıyla karıştırılabilir. En sık görülen atipik reflü belirtileri şunlardır: Ses kısıklığı; Sık tekrarlayan veya geçmeyen farenjit, larenjit; Sinüzit; Diş çürükleri ve ağız kokusu; Astım ve KOAH atakları; Tekrarlayan zatürre atakları. Reflü belirtileri varsa, doğru teşhis ve tedavi için bir uzmana başvurulması önerilir.