En tehlikeli otoimmün hastalık olarak değerlendirilebilecek tek bir hastalık yoktur, çünkü her hastalığın ciddiyeti ve etkileri kişiden kişiye değişebilir. Bazı ciddi ve yaygın otoimmün hastalıklar şunlardır: Romatoid artrit: Eklemlerde iltihap ve ağrıya neden olur, ayrıca kalp, akciğer ve gözler gibi diğer organları da etkileyebilir. Lupus (Sistemik Lupus Eritematozus - SLE): Cilt, eklemler, böbrekler, beyin ve diğer organları etkileyebilir, iltihaplanma organların fonksiyonlarını bozabilir. Tip 1 diyabet: Pankreasın insülin üreten hücrelerine saldırı sonucu kan şekeri düzenlenemez, bu da birçok organda hasara yol açabilir. Multipl skleroz (MS): Sinir hücrelerinin etrafındaki miyelin kılıfın zarar görmesine neden olur, uyuşma, güçsüzlük ve denge sorunlarına yol açabilir. Hashimato tiroiditi: Tiroid bezinin yeterince hormon üretememesine yol açar, bu da metabolizma üzerinde ciddi etkiler yaratabilir.