Kolonoskopi ile birçok hastalık teşhis edilebilir, bunlar arasında: 1. Kolon Kanseri: Kolonoskopi, kolon kanserinin erken teşhisinde kritik öneme sahiptir. 2. Kolon Polipleri: Kanserleşme potansiyeli taşıyan polipler kolonoskopi ile tespit edilip çıkarılabilir. 3. İnflamatuar Bağırsak Hastalıkları: Crohn hastalığı ve ülseratif kolit gibi hastalıkların tanısında kullanılır. 4. Kanama Nedenleri: Kalın bağırsak veya rektumdan kaynaklanan kanamaların nedenlerini belirler. 5. İrritabl Bağırsak Sendromu (IBS): Diğer nedenlerin dışlanması için kolonoskopi kullanılabilir. 6. Bağırsak Darlığı veya Tıkanıklığı: Bağırsakta darlık veya tıkanıklık durumlarının değerlendirilmesinde yardımcı olur. 7. Yabancı Cisimler: Bağırsaklara kaçmış yabancı cisimlerin tespiti ve çıkarılması için kolonoskopi kullanılabilir. Bu işlem ayrıca, nedeni bilinmeyen kilo kaybı ve açıklanamayan demir eksikliği anemisi gibi durumlarda da uygulanır.