Kanamisine dirençli bakteriler arasında Pseudomonas aeruginosa, Streptococcus spp. ve Bacteroides spp. bulunmaktadır. Ayrıca, Stafilokok türleri ve Enterokoklar arasında da kanamisine dirençli suşlar ortaya çıkabilmektedir. Kanamisinin etkisiz olduğu diğer bakteriler arasında anaerobik bakteriler ve bazı Mycoplasma türleri yer alır.