Ekokardiyografi genellikle güvenli bir test olarak kabul edilir, ancak bazı özel türleri minimal riskler taşıyabilir. Transözefageal ekokardiyografi (TEE) gibi invaziv yöntemlerde görülebilecek yan etkiler şunlardır: - Yemek borusunda tahriş veya yutma güçlüğü; - İşlem sırasında kullanılan sakinleştirici ilaçların bazı hastalarda geçici yan etkilere neden olması; - Nadir durumlarda diş, dişeti, boğaz ve yemek borusunda yüzeysel yaralanmalar. Stres ekokardiyografi sırasında ise kalp hızı artırıldığında hastalarda geçici göğüs ağrısı veya nefes darlığı yaşanabilir, ancak bu semptomlar genellikle kısa sürelidir ve test sırasında doktor tarafından izlenir. Kontrast ekokardiyografide ise kontrast maddelere karşı alerjik reaksiyon riski vardır. Ekokardiyografi öncesinde ve sonrasında doktor tavsiyelerine uyulması önemlidir.