HLA-B51 antijeni, aşağıdaki hastalıklarla ilişkilidir: 1. Behçet Hastalığı: Tekrarlayan ağız ve genital ülserler, göz hastalıkları ve cilt lezyonları ile seyreden vaskülitik bir bozukluk. 2. Posterior Üveit: Gözün arka kısmının iltihaplanması. 3. Santral Sinir Sistemi Tutulumu: Sinir sisteminin belirli bölgelerinde hasar. Ayrıca, HLA-B51, ankilozan spondilit, psoriatik artrit, inflamatuar bağırsak hastalığı ve reaktif artrit ile de bağlantılı olabilir.