Hirschsprung hastalığının tedavi süresi, cerrahi müdahalenin türüne ve hastanın durumuna bağlı olarak değişir. Tek evreli ameliyatlar: Açık cerrahi veya laparoskopik yöntemle yapılır ve genellikle birkaç saat sürer. İki veya üç evreli ameliyatlar: İlk evrede kolostomi uygulanır, ikinci evrede agangliyonik bağırsak çıkarılır ve yerine gangliyonik bağırsak bağlanır, üçüncü evrede kolostomi kapatılır. Cerrahi sonrası iyileşme ve normal bağırsak fonksiyonlarının geri dönmesi de bireysel farklılıklara bağlı olarak değişir. Tedavi süresi hakkında en doğru bilgiyi, hastayı takip eden doktor verebilir.