Hirschsprung hastalığının tedavisi, ameliyatın türüne ve hastanın durumuna bağlı olarak değişir. Genellikle tek, iki ya da üç aşamalı cerrahi işlem gerektirir. Tek aşamalı ameliyatlar: Normal şartlarda 2-5 saat sürer ve başarı şansı yaklaşık %90'dır. Hastanede kalış süresi: Ameliyat sonrası hasta, klinikte yaklaşık 2-7 gün izlenir. Tedavi süreci, ameliyatın ardından ortaya çıkabilecek komplikasyonlara ve hastanın iyileşme hızına göre de değişebilir.