Endoskopi ve cerrahi aynı şey değildir. Endoskopi, özel optik aletler kullanarak vücut iç kısmının muayene edilmesi işlemidir. Cerrahi ise, hastalıkların tanı ve sağaltımının yapıldığı, genellikle kesi gerektiren tıbbi müdahaleleri ifade eder. Bazı cerrahi işlemler sırasında endoskopi kullanılabilir, örneğin laparoskopik cerrahi yöntemlerinde endoskopi, cilt üzerine açılan küçük kesiler ile yapılır.