Gastroenteroloji cerrahisi, sindirim sistemi hastalıklarının cerrahi tedavisiyle ilgilenir. Gastroenteroloji cerrahisinin ilgilendiği bazı hastalıklar: Özefagus hastalıkları: Kanser, reflü, hiatal herni, akalazya. Mide ve duodenum hastalıkları: Kanser, morbidobezite, metabolik cerrahi, tümörler. İnce ve kalın bağırsak hastalıkları: Ülseratif kolit, Crohn hastalığı, kanserler. Anüs ve anal kanal hastalıkları: Fissür, fistül, hemoroid, inkontinans, prolapsus, abse. Karaciğer hastalıkları: Kanser, kist hidatik, portal hipertansiyon. Pankreas hastalıkları: Kanser, pankreas psödokisti ve kistleri. Safra kesesi ve safra yolları hastalıkları: Safra kesesi taşı, safra yolları taşı, kolesistit, kanserler. Ayrıca, sindirim sistemindeki organlardan kaynaklı kanserler de gastroenteroloji cerrahisinin tedavi ettiği hastalıkların önemli bir kısmını oluşturur.