Kolonoskopi ve endoskopi genellikle güvenli prosedürler olarak kabul edilir, ancak her tıbbi müdahalede olduğu gibi bazı riskler ve komplikasyonlar içerebilir. Kolonoskopi riskleri arasında: - Kalın bağırsak duvarında yırtılma (perforasyon), bu durum acil cerrahi müdahale gerektirebilir; - Poliplerin çıkarılması veya biyopsi sonrası kanama; - Enfeksiyon riski, ancak hastane ve doktorlar sıkı sterilizasyon protokolleri uygularlar. Endoskopi riskleri ise: - Yemek borusu, mide veya ince bağırsağın duvarında yırtılma, bu durum cerrahi müdahale gerektirebilir; - Biyopsi veya polip çıkarılması sırasında kanama; - Endoskopi sırasında kullanılan sedasyonun yol açabileceği düşük tansiyon, solunum problemleri veya alerjik reaksiyonlar. Bu prosedürlerin riskleri düşük olup, deneyimli bir doktor tarafından yapıldığında minimize edilebilir.