Kuyu suyu, sağlık açısından çeşitli riskler taşıyabilir: Kirlilik: Tarım ilaçları, sanayi atıkları ve evsel atıklar gibi kirleticiler, toprak yoluyla süzülerek yeraltı sularına karışabilir. Mikrobiyolojik kirlilik: Yüzey sularından süzülen bakteri ve virüsler, kuyu suyunu biyolojik olarak kirletebilir. Ağır metaller: Yeraltı suları, doğal yollarla ağır metalleri içerebilir veya insan kaynaklı faaliyetlerle bu metaller suya karışabilir. Yetersiz filtreleme: Çoğu kuyu suyu, modern arıtma tekniklerine tabi tutulmadan kullanıma sunulur. Düzensiz denetim: Kuyu suları, şebeke suları gibi düzenli olarak denetlenmez ve bu nedenle su kalitesi zaman içinde değişebilir. Kuyu suyunun içilmeden önce detaylı bir şekilde test edilmesi ve gerekirse arıtılması önerilir.