Endoskopide sedasyon uygulanması şart değildir, ancak işlemin daha rahat gerçekleştirilmesi için sıklıkla tercih edilir. Sedasyon, hafif etkili anestezik ilaçların damar içine enjekte edilerek hastanın yarı uyur bir hale getirilmesi işlemidir. Sedasyon uygulanmasının gerekli olduğu durumlar arasında, hastanın işlemi tolere edememesi, uzun sürmesi beklenen endoskopik işlemler ve hastanın istemesi sayılabilir. Özellikle ileri yaş, sedatif, anksiyolitik ve narkotik opioid ilaç kullanımı, ağır kardiyovasküler, pulmoner, renal, metabolik ve nörolojik hastalık gibi durumlarda sedasyon uygulamasının tehlikeli olabileceği belirtilmiştir. Endoskopi işlemi için sedasyon uygulaması, gastroenteroloji uzmanları tarafından güvenli bir şekilde gerçekleştirilir. Endoskopi işlemi öncesinde, kullanılan tüm ilaçlarla ilgili gastroenteroloji doktoruna bilgi verilmesi gerektiği unutulmamalıdır.