Yüksek düzey dezenfektanların dezavantajları şunlardır: 1. Mikroorganizmaların direnç kazanması: Dezenfektan kullanımı, mikroorganizmaların direnç geliştirmesine neden olabilir. 2. Her amaca uygun dezenfektan bulunmaması: Bazı dezenfektanlar, her türlü amaç için etkili olmayabilir. 3. Bakteri sporlarına karşı etkisizlik: Bazı dezenfektanlar, bakteri sporlarına karşı etkili değildir. 4. Kalıntı bırakma: Dezenfektanlar, dezenfekte edilen yerde kalıntı bırakabilir ve cilt ile temasında hasar verebilir. 5. Koroziv ve irritan etki: Bazı dezenfektanlar, metallerde korozyona ve kumaşların renklerinin kaybolmasına yol açabilir. 6. Toksik olma: Yanlış kullanıldığında toksik etkilere neden olabilir.