Amfoterisin B, aşağıdaki mantar türlerine karşı etkilidir: Candida spp.; Rhodotorula spp.; Cryptococcus neoformans; Histoplasma capsulatum; Blastomyces dermatitidis; Coccidioides immitis; Aspergillus spp.; Leishmania spp. (bazı türler); Naegleria ve Hartmanella (bazı türler). Amfoterisin B, dermatofitlere karşı etkili değildir. Ayrıca, bazı mantar türlerinde (örneğin, Aspergillus terreus, Scedosporium apiospermum) doğal direnç görülebilir.