Otomatik aşı tabancalarının kapasitesi, modeline göre değişiklik göstermektedir. Bazı otomatik aşı tabancaları 5 cc kapasiteye sahipken, diğerleri 0.1 - 0.3 ml veya 50 cc gibi farklı hacimlerde olabilir. 5 cc kapasiteye sahip otomatik aşı tabancaları genellikle arıcılık ve veterinerlik uygulamalarında kullanılır. 0.1 - 0.3 ml kapasiteye sahip otomatik aşı tabancaları ise güvercin ve kanatlı hayvanların aşılanması için uygundur. 50 cc kapasiteye sahip otomatik aşı tabancaları ise büyükbaş, küçükbaş ve kanatlı hayvan aşılama işlemlerinde kullanılır. Hangi kapasitenin uygun olduğu, kullanım amacına ve aşılanacak hayvanların türüne bağlıdır.