3 boyutlu MR, çeşitli hastalıkların teşhisinde ve tedavisinde kullanılır. Başlıca kullanım alanları şunlardır: 1. Nöroloji: Beyin ve sinir sistemi hastalıklarının tespitinde yüksek doğruluk sağlar (örneğin, tümörler, multiple skleroz, inme). 2. Kardiyoloji: Kalp ve damar hastalıklarının tanısında hızlı ve net sonuçlar sunar (örneğin, kalp kası hastalıkları, damar tıkanıklıkları). 3. Ortopedi: Kas-iskelet sistemindeki rahatsızlıkların teşhisinde önemli bir araçtır (örneğin, eklem ve kemik yaralanmaları). 4. Onkoloji: Tümörlerin daha erken aşamada tespit edilmesini sağlar. 5. Diğer Alanlar: Meme kanseri, karaciğer, böbrek ve prostat gibi organların görüntülenmesi. Bu teknoloji, ayrıca ameliyat öncesi planlama ve fonksiyonel MR görüntülemeleri için de kullanılır.