Yu-Gi-Oh! GX, Yu-Gi-Oh! serisinin devamı olarak, Duel Academy adlı prestijli bir yatılı okulda eğitim gören yeni nesil düellocuların hikayesini anlatır. Seri, duello canavarları ve Duel Diskleri kullanarak oyunlar oynayan öğrencilerin, sadece derslerde başarılı olmakla kalmayıp aynı zamanda Kral of Games (Oyunların Kralı) olmak için verdikleri mücadeleyi konu alır. Baş karakter Jaden Yuki ve arkadaşlarının yaşadığı maceralar, serinin ana temasını oluşturur.