Yu-Gi-Oh! GX, Yu-Gi-Oh! serisinin devamı niteliğinde olup, Jaden Yuki ve arkadaşlarının Duel Academia'ya katılırken yaşadıkları maceraları konu alır. Seri, on yıl sonrasında geçmektedir. Okul, üç yurda ayrılmıştır: Obelisk Mavisi: En yüksek yurt, seçkin ailelerden gelenler ve en iyi düellocular için. Ra Sarı: İyi performans gösteren ve en iyi olma potansiyeline sahip düellocular. Slifer Kırmızı: Gelişime ihtiyacı olan düellocular. Öğrenciler, gelişim gösterdiklerinde bir üst yurda mezun olabilirler. Seri, Fusion Summon adlı çağırma türüne odaklanmaktadır.