Transformers: Armada, Autobotlar ve Decepticonlar arasındaki savaşı konu alır 135. Bu savaşta, her iki taraf da Mini-Cons adı verilen, sahiplerine güç kazandıran küçük Transformers'lar için mücadele eder 135.

Hikaye, Cybertron gezegeninde geçer ve Mini-Cons'ların kaçışı ile gelişir 5. Mini-Cons'lar, Autobotların yardımıyla Cybertron'dan kaçar, ancak Decepticonların saldırısı sonucu uzay köprüsünden kaçarken gemi zarar görür 5. Gemi, Güneş Sistemi'ne düşer ve Ay'a çarpar 5. Mini-Cons'lar dünyaya yayılır 5.

İki insan karakteri, Rad ve Carlos, Mini-Con gemisinin enkazını bulur ve Mini-Cons'ların Dünya'da olduğunu hem Autobotlara hem de Decepticonlara bildiren bir sinyali etkinleştirir 5. Bunun üzerine, Megatron ve Optimus Prime'ın güçleri Dünya'ya gelir 5.

Transformers'lar, Dünya'da araç formlarına bürünür ve Mini-Cons'ları aramaya başlar 5. Bir dizi savaşın ardından, her bir Transformers başarılı bir şekilde bir Mini-Con ortağı edinir 5.

Hikaye, Mini-Cons'ların gücünü kullanarak Unicron'u uyandırmaya çalışan Decepticonlar ve onu durdurmaya çalışan Autobotlar etrafında döner 15. Unicron, Transformers'ların yaratıcısıdır 1. Unicron'u durdurmak için her iki tarafın da güçlerini birleştirmesi gerekir, aksi takdirde yok olacaklardır 1.