Transformers: Armada, Autobotlar ve Decepticonlar arasındaki savaşı konu alır. Hikaye, Cybertron gezegeninde geçer ve Mini-Cons'ların kaçışı ile gelişir. İki insan karakteri, Rad ve Carlos, Mini-Con gemisinin enkazını bulur ve Mini-Cons'ların Dünya'da olduğunu hem Autobotlara hem de Decepticonlara bildiren bir sinyali etkinleştirir. Transformers'lar, Dünya'da araç formlarına bürünür ve Mini-Cons'ları aramaya başlar. Hikaye, Mini-Cons'ların gücünü kullanarak Unicron'u uyandırmaya çalışan Decepticonlar ve onu durdurmaya çalışan Autobotlar etrafında döner.