"Pokémon Ranger ve Deniz Tapınağı", Pokémon Ranger unvanına sahip Jack karakterinin, efsanevi Pokémon Manaphy'yi ve onunla birlikte denizdeki kutsal bir tapınağı korumak için Ash ve arkadaşlarından yardım almasını konu alır 12.

Hikaye, Jack Walker'ın bir Manaphy yumurtasını korsan Fantasma'nın elinden çalmasıyla başlar 1. Ash, May, Max ve Brock, yolculukları sırasında kaybolurlar ve su gösterisi yapan bir grup insanla karşılaşırlar 1. Bu insanlar, Ash ve arkadaşlarına bir sonraki kasabaya gitmelerini teklif eder 1.

Grup, deniz tapınağını bulmak için yola çıkar 3. Ancak, korsan Fantasma yumurtayı çalmaya çalışır 1. Dolunay göründüğünde, deniz tapınağı görünür hale gelir ve grup içeri girer 1. Ancak, Fantasma da tapınağa ulaşır ve deniz tacı için mücadele ederler 1.

Sonunda, Ash, May, Manaphy ve Pikachu'yu güvenli bir şekilde dışarı çıkaran bir kaçış kapsülü bulurlar 1. Yüzeye çıktıklarında, Kyogre ortaya çıkar ve Fantasma'nın gemisini yener 1. May, deniz tapınağını korumak için geride kalan Manaphy'ye veda eder 1.