Pokémon gruplarının neden ayrıldığına dair bilgi bulunamadı. Ancak, Pokémon animesinin bazı sezonlarının neden sona erdiği veya ara verdiği hakkında bilgi mevcuttur. "Pokémon: Indigo League" sezonu, diğerlerinden ayrılması amacıyla bu şekilde adlandırılmıştır. "Pokémon: Johto Journeys", "Pokémon: Johto League Champions" ve "Pokémon: Master Quest" sezonları, Ash, Brock ve Misty'nin batıdaki Johto bölgesindeki maceralarını anlatır ve 2. jenerasyon oyunlardan uyarlanmıştır. "Pokémon: Diamond and Pearl" sezonu, Sinnoh bölgesinde geçer ve Ash ile Brock'a Pokémon koordinatörü olmak isteyen Dawn isimli bir kız katılır. "Pokémon: Best Wishes!" sezonu, Unova bölgesindeki macerayı konu alır. "Pokémon: XY" sezonu, Kalos bölgesinde geçer ve Ash'e çocukluk arkadaşı Serena ile birlikte abi-kardeş Clemont ve Bonnie eşlik eder. Ayrıca, bazı Pokémon bölümleri, kamu tepkisi veya içerik sorunları nedeniyle yasaklanmıştır.