Hitman: Agent 47 filmi, genetiği değiştirilerek oluşturulmuş birinci sınıf bir insan klonunun hikayesini anlatıyor. Filmin konusu: Ajan 47, boynunun arkasındaki barkod dövmesinin son iki hanesiyle tanınan, üst düzey yeteneklere sahip bir suikastçıdır. Ajan 47, bu görevde Katia adlı bir kadının yardımını alır; Katia bir yandan babasını bulmaya çalışmaktadır.