Hitman: Codename 47, genetik olarak geliştirilmiş bir insan klonu olan Ajan 47'nin hikayesini anlatır. Ajan 47, bir sanatoryumdan kaçarak küresel bir sözleşme örgütü olan Uluslararası Sözleşme Ajansı (ICA) tarafından işe alınır. Hikaye, Ajan 47'nin, tüm suikastların arkasında aynı müşterinin olduğunu keşfetmesiyle gelişir. Oyun, Ajan 47'nin, Ort-Meyer'in kaçışını bir yıl önce düzenlediğini ve eski ortaklarının ölümlerini ayarladığını öğrenmesiyle devam eder. Ajan 47, daha sonra Ort-Meyer'i bulmak için onun gibi davranmaya karar verir ve sonunda profesörün kaçışını düzenler. Ort-Meyer ölmeden önce, Ajan 47'nin kendi oğlunu tanıyamadığı için pişmanlık duyduğunu kabul eder ve Ajan 47, profesörün boynunu kırarak onu öldürür. Oyunun hikayesi, bölümlerin sonlarında gösterilen iki-üç dakikalık sinematiklerle desteklenir.