Hitman: Codename 47 oyunu, kiliseye bağlı bir teşkilatın insan klonlamasını kullanarak yarattığı profesyonel bir suikastçiyi konu alır. Oyunun hikayesi şu şekilde özetlenebilir: - Ajan 47, "International Contract Agency HeadQuarters" (Uluslararası Kontrat Şubesi Karargahı) adlı gizli bir örgütten görevler alır. - Görevi, para karşılığı öldürmesi gereken suçluları ortadan kaldırmaktır. - Özellikleri arasında, kurbanlarının kıyafetlerini giymek, kurbanını taşıyıp kimsenin görmemesini sağlamak gibi yetenekler bulunur. - Oyunun sonunda, Ajan 47, kendisinin gizemini çözüp aynı formül üzerinden bir katil ordusu yaratmaya çalışan mega şirkete karşı harekete geçer.