Yamaha WR-125R ve WR-125X modelleri arasındaki temel farklar şunlardır: - WR-125R, enduro tipi bir motosiklet olup, 240 mm çapında ön fren diski, 18" ve 21" tekerlekler, gaz-yağ arka şok emici ve 133 kg kuru ağırlığa sahiptir. - WR-125X, motard tipi bir motosiklet olup, 298 mm çapında ön fren diski, 17" yol tekerlekleri, yağlanmış arka şok emici ve 137 kg kuru ağırlığa sahiptir. Diğer farklılıklar arasında süspansiyon seyahat mesafesi, yakıt tankı kapasitesi ve bazı estetik özellikler de bulunmaktadır.