Seat Toledo'da kullanılan şanzımanlar, modeline ve motor seçeneğine göre değişiklik göstermektedir: Seat Toledo IV (NH) 1.6 TDI (105 bg) modelinde 5 ileri manuel şanzıman bulunmaktadır. 2017 Seat Toledo 1.4 TDI 90 HP S&S DSG Style modelinde ise 7 ileri DSG (yarı otomatik) şanzıman kullanılmıştır.