Özel matrah sistemi, verginin hesaplanacağı tutarın özel bir yöntemle belirlendiği bir matrah türüdür. Özel matrah sistemine tabi işlemler arasında şunlar yer alır: Turizm acenteleri: Yurtdışı turları ve seyahat hizmetlerinde komisyon bedeli üzerinden KDV hesaplanır. Sigorta komisyoncuları: Sigorta poliçeleri için alınan komisyonlar üzerinden KDV hesaplanır. Taşımacılık hizmetleri: Uluslararası taşımacılık hizmetlerinde, taşıma bedeli üzerinden değil, belirli bir matrah üzerinden KDV hesaplanır. İkinci el araç ticareti: İkinci el motorlu kara taşıtı veya taşınmaz ticaretiyle iştigal eden mükelleflerce, KDV mükellefi olmayanlardan alınan araçların satışında, alış bedeli düşüldükten sonra kalan tutar üzerinden KDV hesaplanır. Özel matrah faturalarda, fatura bedeli, özel matrah ve KDV ayrı ayrı gösterilir.