Mini Cooper'ın en iyi motoru, kullanıcının ihtiyaçlarına ve tercihlerine bağlı olarak değişebilir. Ancak, bazı modellerin motorları öne çıkmaktadır: Mini John Cooper Works: 231 BG / 380 Nm güç üreten motoru, 0'dan 100 km/sa hıza 6,1 saniyede ulaşmasını sağlar. Mini Cooper S: 198 hp güç üreten 2.0 litre benzinli motoru vardır. Mini Cooper D: 1.5 litre dizel motoru, 116 hp güç ve 270 Nm tork üretir. En iyi motor seçimi, performans, yakıt tüketimi ve kullanım amacı gibi faktörlere bağlıdır.