Kubota traktörleri farklı modellerde çeşitli motorlar kullanmaktadır: Kubota M 8540 modelinde, V3800-DI tipi, direkt enjeksiyon sistemine sahip, 16 valf ve turbolu bir motor bulunmaktadır. Kubota B2 serisi modellerinde 3 silindirli Kubota dizel motor kullanılmaktadır. Kubota M7040 modelinde ise V3307DI-TE3 tipi, 4 silindirli bir motor yer almaktadır. Ayrıca, Kubota M6-141 modelinde Stage 5 motora sahip, 143 beygir gücü ve 586 nm tork üreten bir motor kullanılmaktadır.