Geçiş ücretleri, genellikle Hızlı Geçiş Sistemi (HGS) üzerinden ödenir. Ödeme yöntemleri: Anlaşmalı bankalar: HGS hesabı açarak, internet veya mobil bankacılık üzerinden ödeme yapılabilir. E-Devlet: Son 60 güne ait geçiş ücretleri ve ihlalli geçişler e-Devlet üzerinden takip edilip ödenebilir. PTT: Ön yüklemeli HGS etiketleri için PTT şubelerinden otomatik ödeme talimatı verilebilir. Nakit ödeme seçeneği bazı tünel ve köprülerde bulunmamaktadır, örneğin Avrasya Tüneli'nde nakit ödeme yapılamaz. Geçiş ihlali durumunda, 15 gün içinde HGS hesabına yeterli bakiye yüklenmesi halinde ceza uygulanmaz.