Geçiş ücretleri çeşitli yollarla ödenebilir: 1. e-Devlet Üzerinden Ödeme: Otoyol, köprü ve tünel geçiş ücretleri artık e-Devlet üzerinden ödenebilmektedir. Bunun için sisteme giriş yaptıktan sonra, geçişlerinize ilişkin borçlarınızı görüp tek tıkla ödeme yapabilirsiniz. 2. HGS ile Ödeme: Geçiş ücretlerinin büyük bir kısmı Hızlı Geçiş Sistemi (HGS) üzerinden tahsil edilmektedir. 3. Anlaşmalı Bankalar Aracılığıyla Ödeme: Bazı bankalar, aracınızın plakasına kayıtlı bir HGS hesabı açma imkanı sunmaktadır. Bu bankalar üzerinden de geçiş ücretlerinizi ödeyebilirsiniz. 4. İhlalli Geçiş Ödemesi: Eğer geçiş ihlali yaptıysanız, yani ücret ödemeden geçiş yaptıysanız, 15 gün içinde HGS hesabınıza yeterli bakiyeyi yüklerseniz standart geçiş ücreti ödersiniz.