Volkswagen Golf 3'ün tutulmama nedenleri arasında birkaç kronik sorun öne çıkmaktadır: 1. Emniyet Kemeri Problemi: 1997-2004 model aralığında üretilen bazı Golf 3'lerde emniyet kemeri gergi kısmında sorunlar yaşanmış, bu durum plastik kaplamanın erimesine yol açmıştır. 2. Isofix Sorunu: Yine aynı dönemde üretilen bazı modellerde isofix montaj barlarında kaynak hataları tespit edilmiştir, bu da çocuk koltuğunun yeterince güvende olmamasına neden olmuştur. 3. Yolcu Hava Yastığı Sorunu: Ekim ve Kasım 2000 arasında üretilen Golf 3'lerde gaz jeneratöründeki basınç haznesi kaçağı nedeniyle yolcu hava yastığı açılmayabiliyordu. 4. Arka Aks Sorunu: 1997 Şubat ile 2000 Şubat arasında üretilen modellerde arka akslarda korozyon ve tutukluk sorunları yaşanmıştır. 5. Elektrik Sorunları: Elektrikli camlar ve merkezi kilit gibi bileşenlerde yaşanan arızalar, aracın beyninin ufak çaplı yangınlara ve teklemelere neden olabilmesi de Golf 3'ün güvenilirliğini azaltmıştır. Bu sorunlar, Golf 3'ün genel olarak yedek parça pahalılığı ve yüksek kilometreye sahip araçlarda motor ve şanzıman aşınmaları gibi diğer dezavantajlarıyla birleşerek aracın tercih edilme oranını düşürmüştür.