Zeugma Mozaik Müzesi'nin planı, üç yapı topluluğundan oluşan bir kompleks üzerine kuruludur. A Blok: Zeugma Antik Kenti'nden getirilen mozaikleri içerir. B Blok: Gaziantep ve çevresinde yapılan kazılarda ele geçen Doğu Roma Dönemi'ne ait kiliselerin taban mozaikleri sergilenir. C Blok: İdari kat, konferans ve fuaye alanlarını barındırır. Müzenin zemin katında, Fırat kenarındaki villalara ait mozaikler, özellikle Poseidon ve Euphrates villalarının mozaikleri sergilenir. Müzenin dokunmatik bilgilendirme ekranları, ziyaretçilerin eserlerin kazı sırasındaki ve sonrasındaki durumlarına, fotoğraflarına ve bilgilerine erişim sağlamasını mümkün kılar.