Yerebatan Sarnıcı'ndaki Medusa başlarının yerleştirilme nedeni, koruyucu bir sembol olarak kullanılmalarıdır 12. Medusa'nın bakışlarının taşa çevirme gücüne inanıldığı için, bu başların sarnıçta kötü güçleri nötrlemek amacıyla yerleştirilmiş olabileceği düşünülmektedir 12.

Bunun yanı sıra, yeniden kullanım ve Hristiyan sembolizmi gibi farklı teoriler de bulunmaktadır 2. Bir teoriye göre, Bizanslılar antik dönem yapılarından malzemeleri alıp yeniden kullanmışlardır ve Medusa başları da başka bir yapıdan alınarak sarnıca yerleştirilmiş olabilir 2. Diğer bir teoriye göre ise, ters ya da yan yerleştirilmiş Medusa başları, pagan inanışlardan Hristiyanlık'a geçişi simgeliyor olabilir 2.

Bu konuda kesin bir bilgi bulunmamaktadır.