Yedikule'de çeşitli dönemlerde birçok önemli şahsiyet hapis yatmıştır: Sultan İkinci Osman (Genç Osman), 1622 yılında asker tarafından tahtından indirildikten sonra Yedikule'de katledilmiştir. Çandarlı Halil Paşa, Fatih Sultan Mehmet döneminde rüşvet aldığı iddiasıyla Yedikule'de hapsedilmiş ve burada idam edilmiştir. Yavuz Sultan Selim'in getirdiği son Abbasi Halifesi Üçüncü Mütevekkil de Yedikule'de hapsedilmiştir. Trabzon Rum İmparatoru David Komnenos ve oğulları 1463 yılında burada idam edilmiştir. Rus elçisi Tolstoy ve Obreskof, Osmanlı döneminde Yedikule'de hapsedilen yabancı elçiler arasındadır. Ayrıca, Osmanlı döneminde Yedikule, siyasi mahkûmlar için genel bir hapishane olarak da kullanılmıştır.