Karain Mağarası'nın önemli olmasının bazı nedenleri: Tarihî derinlik: Mağara, Alt Paleolitik döneme kadar uzanan bir geçmişe sahiptir ve 500.000 yıl öncesinde bile yerleşim olduğuna dair bulgular mevcuttur. Kesintisiz iskân: Paleolitik, Neolitik, Kalkolitik çağlar ve Klasik Dönem'de insanlar tarafından sürekli iskân edilmiştir. Göç yolları ve Anadolu-Yakın Doğu ilişkileri: Mağara, göç yolları ve Anadolu ile Yakın Doğu arasındaki ilişkiler hakkında önemli bulgular sunmaktadır. Sanat eserleri: Anadolu'daki ilk sanat örnekleri burada bulunmuştur. Çeşitli dönemlere ait izler: Diğer mağaraların aksine, Karain Mağarası'nda birden fazla döneme ait izler bulunmaktadır. Türkiye'nin en büyük mağarası: Türkiye'nin içinde insan yaşamış en büyük mağarasıdır. Adak mağarası: Klasik dönemlerde adak mağarası (tapınak) olarak kullanılmıştır.