Karapapakların kökeni konusunda farklı görüşler bulunmaktadır: 1. Kıpçak ve Oğuz Kökenli: Genel kabul gören görüşe göre, Karapapaklar Kıpçak Türklerinin bir alt ırkı olup, Oğuz grubuna aittir. 2. Hunların Göçü: Bir başka görüşe göre, MS 150 yılında Hunların Batı'ya göçleri sırasında, Borçalı ve Kazak olarak adlandırılan iki Türk boyu halinde Kafkaslar'ı aşarak Kür Irmağı boylarına yerleştikleri ve bu şekilde kökenlerinin oluştuğu düşünülmektedir. 3. Safevi Dönemi: Safevi devletinin kurucusu Şah İsmail'in, 1520-1522 yılları arasında Şiiliği yaymak için düzenlediği sefer sırasında, Karapapakların da yaşadığı Kvemo Kartli'ye geldiği ve bu dönemde Sünni olduklarını belirtmek için kara papak giydikleri bilinmektedir.