Karapapaklar'ın kökeni, Hunların Batı'ya göçleri sırasında MS 150 yılında Borçalı ve Kazak olarak adlandırılan iki Türk boyu halinde Kafkaslar'ı aşarak Kür Irmağı boylarına yerleşmelerine dayanmaktadır. Diğer bir görüşe göre ise Karapapaklar, Oğuzların Üç-Oklar, Dağ-Alp, İmirli boyuna mensuptur.