Kara Ahmed Paşa, 28 Eylül 1555'te Kanuni Sultan Süleyman'ın emri ile boğdurularak idam edilmiştir. İdamının nedeni olarak, Şehzade Mustafa taraftarı olması ve Mısır Valisi Semiz Ali Paşa'yı bertaraf etmek için entrikalar içinde bulunması gösterilmişse de, asıl nedeninin Hürrem Sultan ve Mihrimah Sultan'ın Rüstem Paşa'ya sadrazamlığı temin etmek için yaptıkları entrikalar olduğu düşünülmektedir.