Şaphane, tarih boyunca farklı dönemlerde çeşitli idari yapılara bağlı kalmıştır: Osmanlı İmparatorluğu Dönemi: Tanzimat'a kadar "Şaphane-i Amire Müdürlüğü" adı altında doğrudan saraya bağlı olarak idare edilmiştir. Cumhuriyet Dönemi: Cumhuriyet döneminde bucak olarak görülen Şaphane, 19.06.1987 tarihinde çıkarılan 3392 Sayılı Kanunla ilçe statüsüne kavuşmuş, 26.04.1988 tarihinde ilk kaymakamın göreve başlamasıyla resmi olarak ilçe olmuştur. Şaphane, 1988 yılında Gediz'den ayrılarak Kütahya iline bağlı bir ilçe haline gelmiştir.