Piri Reis, Hürmüz'deki kuşatmayı kaldırması ve donanmayı geride bırakarak kaçması nedeniyle idam edilmiştir. Bazı tarihçiler, bu kararın arkasında Piri Reis'in Portekizlilerden rüşvet aldığının olduğunu iddia etmektedir. Piri Reis, 1554 yılında, 80 yaşının üzerindeyken, Kanûnî Sultan Süleyman'ın fermanı üzerine Kahire'de boynu vurularak idam edilmiştir.