Ninja ve samuray arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Eğitim ve Görev: Samuraylar, feodal lordlara hizmet eden, kılıç kullanma ve diğer dövüş sanatlarında eğitim almış seçkin savaşçılardır. 2. Kıyafet: Samuraylar, metal zırh ve ipek kimono gibi gösterişli kıyafetler giyerken, ninjalar siyah renkli, tüm vücudu kaplayan ve sadece gözlerini açıkta bırakan kıyafetler tercih ederler. 3. Silahlar: Samuraylar, katana, mızrak, yay ve ok gibi büyük silahlar kullanırken, ninjalar shuriken, kunai ve benzeri daha küçük silahlar kullanırlar. 4. Felsefe: Samuraylar, Bushido olarak bilinen bir onur ve sadakat kuralına uyarken, ninjaların belirli bir yönetim kodu yoktur.