Ninja ve samuray arasındaki bazı farklar şunlardır: İşlev ve sosyal statü: Samuray, eski Japonya'da soylu bir asker sınıfı olup, feodal lordlara hizmet eden savaşçılardır. Ninja, genellikle efendilerinden kovulmuş veya kendi istekleriyle ayrılmış samuraylar olup, casusluk, sabotaj ve suikast gibi gizli operasyonlar yürüten bağımsız veya küçük gruplardan oluşan savaşçılardır. Eğitim: Samuraylar, katana gibi geleneksel silahlar kullanarak göğüs göğüse dövüş eğitimine odaklanır. Ninjalar, gizlilik, kılık değiştirme ve hayatta kalma becerilerine odaklanan dövüş sanatlarında yoğun bir eğitim alır. Davranış kuralları: Samuraylar, "Bushido" olarak bilinen ve cesareti, dürüstlüğü ve sadakati vurgulayan katı bir davranış kuralına uyar. Ninjalar, genellikle doğuştan ve yeminli olarak birine bağlı değildir; ödeme yapan herkes için çalışırlar. Silahlar: Samuraylar, katana, mızrak, yay ve ok gibi silahlar kullanır. Ninjalar, shuriken, kunai ve nefes silahları gibi daha gizli silahlar kullanır.