Ninja Kaplumbağalar'ın gerçek hikayesi, 1984 yılında Kevin Eastman ve Peter Laird tarafından yaratılan bir çizgi romanla başlamıştır. Çizgi romanın hikayesi şu şekildedir: Mutasyon: Dört kaplumbağa, bir laboratuvar kazası sonucu mutasyona uğrar. Eğitim: Mutasyona uğramış fare Splinter tarafından dövüş sanatları ve ninjutsu konusunda eğitilirler. Mücadele: New York'u kötüler, özellikle Shredder ve onun suç örgütü Foot Clan'dan korurlar. Bu karakterler, Rönesans döneminin ünlü sanatçılarından Leonardo da Vinci, Michelangelo Buonarroti, Raphael Sanzio ve Donatello'dan ilham alınarak isimlendirilmiştir.