Niksar halkının kökeni, tarih boyunca çeşitli medeniyetlerin egemenliği altında olmasından dolayı karmaşıktır.

Pontus Krallığı döneminde Niksar'da Pers, İskender ve Seleukos halkları yaşamıştır 2. Romalılar devrinde şehir yeniden inşa edilmiş ve adı Diaspolis olarak değiştirilmiştir 1. Bizans İmparatorluğu döneminde ise Harsanisiya adı kullanılmıştır 1.

Anadolu Selçukluları zamanında Niksar, Dânişmendli Türkleri tarafından fethedilmiş ve bu dönemde şehir bir ilim ve kültür merkezi haline gelmiştir 3. Osmanlı İmparatorluğu döneminde ise Niksar, Tokat sancağına bağlı bir kaza olarak varlığını sürdürmüştür 3.

Günümüzde Niksar'da yaşayan halkın büyük bir kısmı Türk kökenlidir 4.