Mustafa Kemal Paşa, Samsun'a çıktıktan sonra şu çalışmaları gerçekleştirdi: 1. Bölgedeki Durumu İnceledi: Samsun'da bulunduğu süre zarfında bölgedeki güvenliği sağlamak üzere tedbirler aldı. 2. Milli Mücadele İçin Çalışmalara Başladı: Milli Mücadele'yi organize etmek amacıyla Havza'ya geçti ve burada Türk milletinin birlik ve beraberliğini sağlamak için toplantılar yaptı. 3. Cemiyetleri Birleştirme ve Kongreler Düzenleme: Erzurum'daki 15. Kolordu Komutanı Kazım Karabekir ve Ankara'daki 20. Kolordu Komutanı Ali Fuat (Cebesoy) ile bağlantı kurarak işgallere karşı savaşılması gerektiği konusunda görüş birliğine vardı. 4. Genelge Yayınladı: 28 Mayıs 1919'da mülki idare amirlerine bir genelge göndererek işgalleri protesto etmek için mitingler düzenlenmesini istedi. 5. İstanbul'a Geri Çağrılmaya Direndi: İşgal devletlerinin baskısına rağmen İstanbul'a geri dönmeyi kabul etmeyerek Milli Mücadele'deki kararlılığını gösterdi.